Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: http://repositoriodigital.ipn.mx/handle/123456789/12071
Título : Identificación de los blancos génicos, asociados al factor transcripcional mesenchyme homeobox 2 (MEOX2) en cáncer pulmonar
Autor : DR. ÁVILA MORENO, FEDERICO
DRA. BARAJAS FARIAS, LUZ MARÍA
LÓPEZ LEONEL, ARMAS
Palabras clave : blancos génicos
mesenchyme homeobox 2
factor transcripcional
cáncer pulmonar
MEOX2
Fecha de publicación : 4-abr-2011
Resumen : Recently described copy number variation and overexpression of the transcription factor Meox2 in lung cancer progression. However, currently is unknown Meox2 participation in the processes of transformation and human lung tumor progression. The identification of potential target genes for Meox2 as transcriptional factor in lung cancer patients, would describe and propose possible signaling pathways Meox2 orchestrated by transcriptional activation due to its high Meox2 expression since early stages of lung tumor progression, as one possible early gene marker or central transcriptional or therapeutic gene target for lung cancer. Objective: Identify potential gene targets, for transcriptional factor Meox2 in lung cancer patients. Materials and methods: Were used 4 lung cancer cell lines and 10 samples of solid lung carcinomas, derived from patients with definite diagnosis of adenocarcinoma type lung cancer. In both cases, solid tumors and cell lines were derived from Mexican mestizian patients under medical care at the INER. From these tissue samples was carried out by the technique of chromatin immunoprecipitation “ChIP-on-chip”. From those gene segments which immunoprecipitates (IP), were tested in DNA quality by PCR assays confirmation based in use of GADPH gene promoter region, considered as gene control. Subsequently, the DNA-IP patients were amplified and re-amplified using both methods WGA3 and WGA1, respectively. Thus DNA-IP samples were labeled by differentially fluorescence and hybridized on microarray format promoters 3X720 NimbleGen-Roche. Following this, probably gene target regions for Meox2 were validated by quantitative real-time PCR. Validation and quantitative analysis for Meox2 gene targets and their possible association with risk factors were performed. Results: We identified the presence of the transcription factor Meox2 in nucleus in both lung cancer cell lines and lung carcinomas solid hitological type AD. Meox2 is moving-out from nucleus in AD type cell lines in contact-dependent manner in vitro cultures. While in solid lung AD Meox2 location is preferentially in the nucleus. The quantitative analysis of selected gene targets for the transcription factor Meox2 indicates the increased 22 interaction with its own promoter Meox2, Evx1 and Twist1 in contrast the level of interaction between Meox2 protein and C-fos promoter, included in present study as gene promoter sequence control. The quantitative analysis for Meox2 and EVX1 promoter sequences, indicates greater amplification for DNA-IP obtained for transcriptional factor Meox2, compared to immunoprecipitate RNA Pol II, and even statistically significant when comparing patients under exposure to wood smoke patients and free risk factors. While the quantitative amplification for gene promoter TWIST1 increases in both group patients wood smoke exposure and free risk factor patients. All these suggests that Meox2 interacts and regulates in different degrees for other transcription factors, including homeobox genes related as the same Meox2 and Evx1, as well as, other transcription factors such as TWIST1, in contrast to C-fos as endogenous control gene, which is not observed increased. Additionally were identified around 145 new gene targets associated with Meox2, with high statistical prediction (FDR= 0) of physical interaction protein-promoter, a total of 5,577 (FDR <0.2) identified gene targets. Conclusion: Exposure to environmental risk factors such as wood smoke increases the interaction transcriptional targets regulated by Meox2 gene over-expressed in lung adenocarcinomas. Meox2 further suggesting that self-regulates its own gene expression and regulation of different transcriptional regulatory pathways, including homeobox genes related, zinc finger transcription factors, DNA methyl-transferases, nuclear receptors primarily involved in lung cancer increased when there is exposure to environmental risk factors, including wood smoke, and quite possibly tabaquism exposure.
Descripción : Introducción: Recientemente se ha descrito variación en el número de copias y sobre-expresión del factor transcripcional Meox2 en la progresión neoplásica pulmonar. Sin embargo, actualmente se desconoce la participación de Meox2 en los procesos de transformación y progresión neoplásica pulmonar. La identificación de los posibles blancos génicos transcripcionales de Meox2 en pacientes con cáncer pulmonar, permitirá describir y proponer posibles vías de activación transcripcional orquestadas por Meox2, debido a su alta expresión desde etapas tempranas de la progresión neoplásica pulmonar, posiblemente consolidándose como marcador temprano y/o blanco transcripcional central o terapéutico del cáncer pulmonar. Objetivo: Identificar los posibles blancos génicos, asociados al factor transcripcional Meox2 en cáncer pulmonar. Materiales y métodos: Fueron utilizadas 4 líneas celulares de cáncer pulmonar y 10 muestras de carcinomas pulmonares sólidos, derivadas de pacientes con diagnóstico definitivo de cáncer pulmonar tipo Adenocarcinoma. En ambos casos, tanto líneas celulares como tumores sólidos en fresco fueron derivados de pacientes mestizos mexicanos, bajo atención médica en el INER. A partir de dichas muestras de tejido, se llevó a cabo la técnica de inmunoprecipitación de la cromatina “ChIp-on-chip”. A partir de lo cual aquellos segmentos genéticos inmunoprecipitados (IP) fueron verificados en su calidad del DNA mediante amplificación por PCR de la región promotora del gen GADPH, considerado como gen control. Posteriormente los DNA-IP de pacientes fueron amplificados y re-amplificados mediante métodos WGA1 y WGA3, respectivamente. De este modo, muestras DNA-IP fueron marcadas diferencialmente por fluorescencia e hibridadas en microarreglos de promotores en formato 3X720 NimbleGen-Roche. Posterior a ello, regiones génicas de interés fueron validadas cuantitativamente por PCR en tiempo real. Así como análisis de validación cuantitativa de blancos de Meox2 y su posible asociación a factores de riesgo fueron realizados. 19 Resultados: Se identificó la presencia del factor transcripcional Meox2 en núcleo tanto en líneas celulares como en carcinomas pulmonares sólidos tipo AD. Meox2 se des-localiza de núcleo en líneas celulares tipo AD, en forma contacto-dependiente en cultivos in vitro. Mientras que, en las neoplasias sólidas pulmonares tipo AD su localización es mayoritaria a nivel nuclear. El análisis cuantitativo de ciertos blancos génicos del factor transcripcional Meox2, indica el aumento en la interacción con su propio promotor de Meox2, así como Evx1 y Twist1, en contraste del nivel de interacción de Meox2 con el promotor C-fos, incluido en el estudio como una secuencia promotora control o endógena. El análisis cuantitativo para las secuencias promotoras blanco de Meox2 como el propio promotor de Meox2 y EVX1 indican mayor amplificación del DNA-IP cuando se inmunoprecpita Meox2, comparado al inmunoprecipitar RNA Pol II, e incluso estadísticamente significativo al comparar pacientes bajo exposición a humo de leña de aquellos pacientes libres de factores de riesgo. Mientras que la amplificación cuantitativa para el promotor del gen Twist1 aumenta en ambos grupos de pacientes tanto exposición a humo de leña, como pacientes libres de factores de riesgo. Lo cual sugiere que Meox2 interacciona y regula en distinto grado a diferentes factores de transcripción, incluyendo genes Homeobox relacionados como el mismo Meox2 y Evx1; así como, otro tipo de factores de transcripción como Twist1, en contraste de C-fos como gen endogeno control, el cual no se observa aumentado. Adicionalmente fueron identificados cerca de 145 nuevos blancos génicos asociados a Meox2, con una alta predicción estadística (FDR=0) de interacción física proteína-promotor, de un total de 5,577 (FDR < 0.2) blancos génicos identificados. Conclusión: La exposición a factores de riesgo ambientales como el humo de leña incrementa la interacción transcripcional por blancos génicos regulados por Meox2 sobre-expresado en carcinomas pulmonares tipo adenocarcinoma. Sugiriendo además 20 que Meox2 auto-regula su propia expresión genética, así como la regulación de distintas vías de regulación transcripcional, entre ellas, genes Homeobox relacionados, dedos de zinc, DNA metil-transferasas, receptores nucleares, implicados en cáncer pulmonar principalmente incrementados, cuando existe exposición a factores de riesgo ambientales, entre ellos humo de leña y muy posiblemente humo de tabaco.
URI : http://www.repositoriodigital.ipn.mx/handle/123456789/12071
Aparece en las colecciones: Mediateca

Ficheros en este ítem:
Fichero Descripción Tamaño Formato  
Identificación de los blancos génicos, asociados al factor transcripcional mesenchyme homeobox 2 (MEOX2) en cáncer pulmonar.pdfIdentificación de los blancos génicos, asociados al factor transcripcional mesenchyme homeobox 2 (MEOX2) en cáncer pulmonar2.91 MBAdobe PDFVisualizar/Abrir


Los ítems de DSpace están protegidos por copyright, con todos los derechos reservados, a menos que se indique lo contrario.