Evaluación de la eficiencia y reproducibilidad en la obtención de datos moleculares mediante muestreos no invasivos en la ballena azul (Balaenoptera musculus) del Golfo de California

Abstract

Los muestreos biológicos no invasivos han demostrado ser eficaces en estudios genéticos y ecológicos de mamíferos marinos. En este estudio se obtuvieron perfiles genéticos de individuos de ballena azul del Golfo de California mediante métodos no invasivos (heces, piel descamada, soplos) como un método alternativo a colectas semi-invasivas como las biopsias que potencialmente pueden alterar el comportamiento de los individuos. Se analizó la eficiencia y reproducibilidad en la obtención de datos genéticos de muestras de heces, piel descamada y condensados de soplo de la ballena azul empleando marcadores moleculares del sistema ZFX/ZFY para identificar el sexo, de la región control mitocondrial para identificar haplotipos y 8 microsatélites específicos. A su vez dentro de cada grupo de muestras se evaluó también el método de preservación (etanol al 96%, congeladas, dimetilsulfóxido) con respecto a la cantidad y calidad del ADN obtenido. La mayoría de los individuos empleados para el análisis, habían sido previamente genotipificados a partir de biopsias de piel, lo que permitió contrastar la eficiencia en la identificación de individuos a partir de muestras no invasivas como fuente de ADN. La obtención de secuencias de ADN con calidad suficiente para la identificación del haplotipo mitocondrial, resultó más consistente en las muestras de piel descamada en DMSO y en etanol al 96% (88% de eficiencia global); mientras que para la identificación del sexo, las heces congeladas obtuvieron el mejor porcentaje de eficiencia con un 65%. Por su parte, para el caso de los microsatélites las muestras de heces más recientes y preservadas en etanol al 96%, fueron las de mejor desempeño, con un 31% de eficiencia global. Se infiere que el bajo éxito de asignación del genotipo se debe al conjunto de la baja cantidad y calidad del ADN de las muestras. A pesar de la baja calidad de ADN obtenido se logró amplificar más de la mitad de las muestras pero realizando una amplificación del mismo producto de PCR original. Las muestras de piel descamada y heces preservadas en etanol recién recolectadas mostraron una mejor eficiencia en la identificación del individuo. Se concluye que la información genética proveniente de la piel descamada, heces y soplos de ballena azul analizados fue incompleta y requiere de un mayor esfuerzo de tiempo y recursos económicos para obtenerla.